L'Église Évangélique du Congo est organisée aussi bien géographiquement que juridiquement et Géoeraphiquement.
L'Église Évangélique du Congo est divisée en consistoires, chaque consistoire en paroisses, chaque paroisse en annexes. L'Église Évangélique du Congo comprend en outre des champs d'évangélisation dépendant directement du Synode.

L'Église Évangélique du Congo comprend les organes suivants:
•    Synode, Conseil Synodal, Bureau Synodal, Secrétariat Général chargé de l'Administration et des Finances, Départements Synodaux.
•    Consistoires, paroisses, annexes. Chacun de ces organes est doté d'uni Assemblée Générale, d'un Conseil et d'un bureau.